Joskus on tarpeen manuaalisesti muokata, poistaa tai siirtää tiedostoja ja hakemistoja palvelussa. Tämä onnistuu FTP-yhteyden lisäksi myös suoraan cPanelin kautta.
- Kirjaudu cPaneliin Zoner Homen kautta. Ohje: cPanel-palvelunhallintaan siirtyminen.
- Valitse Tiedostonhallinta.
Palvelun pääverkkotunnuksen (se, jolle palvelu on tilattu) verkkosivujen tiedostot sijaitsevat oletuksena public_html-hakemistossa. mail-hakemisto taas sisältää esimerkiksi palveluun vastaanotetut sähköpostiviestit. Hakemistoista ei kannata poistaa mitään mistä ei ole varma – tiedostoissa on myös cPanelin toiminnan kannalta oleellisia tiedostoja, ja esimerkiksi koko kotihakemiston tyhjentäminen voi pahimmillaan saattaa webhotellin täysin toimimattomaan tilaan.